Vào cuối năm 1945 sau hai lần nhận được điện mời của Chủ tịch Hồ Chí Minh, cụ Huỳnh Thúc Kháng từ Huế đã ra Thủ đô Hà Nội. Gặp nhau, hai người ứa nước mắt. Bác Hồ nói: Việc mời cụ ra nhậm chức Bộ trưởng Bộ Nội vụ là ý kiến chung của tất cả anh em các đảng phái, chứ không phải ý kiến riêng của tôi vì cụ ở lại trong nước cụ biết rõ trình độ tiến bộ của đồng bào ba kỳ, đồng thời đồng bào ba kỳ đều tín nhiệm cụ.
Cụ Huỳnh nói: Tôi ra đây là cốt gặp cụ, chớ lúc này là lúc cần tăng gia sản xuất mà tôi không biết cầm cày, cầm cuốc; lại cần phải kháng chiến mà tôi lại không mang súng nổi. Cụ nên kiến nghị người trẻ thạo việc để trao nhiệm vụ thì hơn.
Sau nhiều lần trao đổi cuối cùng cụ Huỳnh Thúc Kháng đã nhận lời tham gia Chính phủ do Chủ tịch Hồ Chí Minh đứng đầu.
Tại cuộc họp đầu tiên của Quốc hội ngày 2-3-1946, khi giới thiệu danh sách Chính phủ Liên hiệp để Quốc hội thông qua, Chủ tịch Hồ Chí Minh trình bày:
Bộ Nội vụ: một người đạo đức danh vọng mà toàn quốc dân ai cũng biết: cụ Huỳnh Thúc Kháng.
Sau đó cụ Huỳnh lại được cử làm Hội trưởng Hội Liên hiệp Quốc dân Việt Nam (Gọi tắt là Hội Liên Việt).
Sáng ngày 31-5-1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh rời Hà Nội đi Pháp để mở cuộc đàm phán chính thức với Chính phủ Pháp. Sân bay Gia Lâm hôm ấy đông nghịt người ra tiễn. Chủ tịch Hồ Chí Minh đi một vòng chào các đại biểu và đồng bào. Đồng bào vẫy cờ, vỗ tay hoan hô và chen lấn nhau ra phía trước để được nhìn rõ Người.
Sắp đến giờ lên máy bay, Bác tới nắm tay cụ Huỳnh nói:
Tôi vì nhiệm vụ quốc dân giao phó phải đi xa ít lâu, ở nhà trăm sự khó khăn nhờ cậy ở cụ cùng với anh em giải quyết cho. Mong cụ “dĩ bất biến ứng vạn biến'' (lấy cái không thay đổi để đối phó với muôn sự thay đổi).
Cụ Huỳnh rất cảm động, cầm tay Bác Hồ lâu, Bác đã uỷ nhiệm cụ Huỳnh làm Quyền Chủ tịch nước trong thời gian Bác đi vắng.
Trước Cách mạng Tháng Tám năm 1945, có lúc cụ Huỳnh Thúc Kháng cảm thấy cô đơn, chán nản. Từ sau khi được gặp và hiểu rõ Chủ tịch Hồ Chí Minh, cụ Huỳnh Thúc Kháng vui mừng vì được gặp người bạn già tri kỷ là Hồ Chí Minh. Cụ đã nói với một người bạn” “Dân ta có Cụ Hồ quả là hồng phúc''. Trong bài “Thất thập tự thọ”, cụ Huỳnh viết:
''Bảy tuần đầu bạc như bông
Gặp người tri kỷ thôi xong đã già”
Thời gian Chủ tịch Hồ Chí Minh đi thăm nước Pháp, cụ Huỳnh đã có bài thơ ca ngợi Người:
“Tung hoành bể Sở với non Ngô
Đàm lược ai hơn Chủ tịch Hồ
Mưa gió dãi dầu bao tuế nguyệt
Nước non gây dựng nổi cơ đồ
Sen kia chẳng ngại hôi bùn lấm
Tùng nọ bao phen ngọn gió xô
Khắp cả ba kỳ đều tín nhiệm
Rộn ràng muôn miếng tiếng hoan hô”
Giải thích về việc Chủ tịch Hồ Chí Minh ký với Pháp Hiệp định Sơ bộ ngày 6-3-1946, cụ Huỳnh nói: “Hội đồng Chính phủ không bán nước!... Tôi xin tuyên bố vắn tắt với anh em, đó chẳng qua là một nước cờ của Hồ Chủ tịch với cả nước Pháp lẫn Tưởng Giới Thạch, Hồ Chủ tịch là một tay cao cờ. Tôi chắc chắn và anh em cứ đinh ninh rồi đây thế nào mình cũng thắng thế”.
Trước ngày cuộc kháng chiến chống Pháp bùng nổ, ngày 3-11-1946, báo cáo trước Quốc hội về việc thành lập Chính phủ mới, Chủ tịch Hồ Chí Minh nói: cụ Huỳnh, vì tuổi già sức yếu mà cố từ, nhưng vì tôi lấy đại nghĩa mà lưu cụ, cụ cũng gắng lại.
Sau đó, cụ Huỳnh được Bác cử đi kinh lý miền Trung và miền Nam Trung Bộ với danh nghĩa đại diện Chính phủ Trung ương. Cuối năm 1946, khi về thăm quê hương Tiên Phước, cụ Huỳnh tâm tình với bà con:
“Tôi đã vào loại sáng nhưng cụ Hồ lại sáng hơn tôi nhiều. Cụ Hồ có những người giúp việc thông minh lắm, giỏi lắm, tin tưởng lắm. Cụ Hồ rất vĩ đại, dưới có đội ngũ giúp việc tài năng nhất định sẽ đưa dân tộc ta đến toàn thắng. Ở Hà Nội, Hồ Chủ tịch tiết kiệm lắm. Mỗi bữa cơm, cụ Hồ chỉ dùng có một quả trứng ''.
Đầu năm 1947 với danh nghĩa Hội trưởng Hội Liên hiệp Quốc dân Việt Nam, Cụ Huỳnh viết bức thư dài bằng chữ Hán (thể phú) nhan đề: ''Kính cáo đồng bào phụ lão kháng chiến thư”.
Nói về Hồ Chủ tịch và Cách mạng Tháng Tám năm 1945, bức thư có đoạn (theo bản dịch của Nguyễn Văn Hạp…):
“Người thân yêu, kính mến nhất của đồng bào quốc dân ta là Hồ Chí Minh tiên sinh. Là bậc yêu nước đại chí sĩ, là nhà lịch nghiệm cách mạng đại chuyên gia, chân đi khắp năm châu, mắt trông xa vạn dặm…”
Đầu tháng 4 năm 1947 tại Quảng Nam, trong một buổi nói chuyện với các thân hào nhân sĩ, có người lên tiếng hỏi cụ Huỳnh:
“Tôi thuở nay nghe biết tên nhiều nhà cách mạng hoạt động trong nước cũng như ở nước ngoài. Nhưng chưa từng nghe tiếng ông Hồ Chí Minh. Vậy Hồ Chí Minh là ai?
Cụ Huỳnh trả lời:
Ông Hồ Chí Minh là con cụ Phó bảng Sắc ở Nghệ An, suýt soát lớp ông và tôi. Ông Hồ hoạt động chính trị ở nhiều nước Âu, Á, Phi và hoạt động bí mật, tất nhiên là thay tên đổi họ luôn luôn để tránh màng lưới mật thám quốc tế. Nhưng cái tên làm chấn động thế giới là Nguyễn Ái Quốc. Chắc ông biết, nhiều người biết''.
Cụ Huỳnh nhận xét: “Ông Hồ không phải như nhiều người khác mượn hai tiếng cách mạng để rồi làm giàu hoặc làm quan to như các ông tưởng đâu. Ông Hồ không đồng xu dính túi. Nói về bằng cấp thì ông Hồ không là tiến sĩ, phó bảng gì cả. Nhưng nói về tri thức và sự nghiệp cách mạng thì chắc chắn lớp chúng ta cũng như lớp trước chúng ta không ai bằng kịp.
Sự hiểu biết của ông Hồ rất xa, rất rộng, chẳng những việc trong nước mà cả việc thế giới nữa. Nước này tương lai sẽ đi về đâu? Nước kia rồi đây sẽ thế nào? Ông nói rất rành rọt, mạch lạc, nghe không chán''.
Bác Hồ đối với cụ Huỳnh như đối với người thân. Nhiều chi tiết nhỏ trong mối quan hệ giữa Bác và Cụ đã nói lên điều này. Có một chai tương Nam Đàn do bà Nguyễn Thị Thanh (chị gái của Bác) đem ra làm quà, Bác cũng mời cụ Huỳnh đến dùng cơm để cùng thưởng thức hương vị quê hương xứ Nghệ. Lại có lần nhân dân Thái Bình gửi biếu hai chai mắm tôm đặc sản, Bác cũng viết thư gửi biếu cụ một chai. Cả trong chuyện thường ngày giữa hai người cũng hóm hỉnh thân tình.
Có một lần vào năm 1946, gặp Bác, cụ Huỳnh ứng tác hai câu thơ ''nhắc nhở'':
Năm mươi sáu tuổi vẫn chưa già
Cụ ông thay, Cụ bà không?
Lúc ấy Bác chỉ cười, nhưng rồi trong thời gian sang Pháp bên cạnh những bức điện văn gửi về hỏi tình hình và thăm cụ Huỳnh, Bác còn có riêng một bài thơ gửi cụ:
Nghĩ rằng ra thơ để trả lời
Nhớ ơn cụ lắm cụ Huỳnh ơi
Non sông một mối chúng nhau gánh
Độc lập xong rồi cưới vợ thôi.
Tháng 4-1947, cụ Huỳnh bị ốm nặng. Từ Quảng Ngãi, trên giường bệnh, ngày 14-4-1947, cụ Huỳnh đọc cho người thư ký riêng của mình ghi bức thư gửi Hồ Chủ tịch:
“Kính gửi Hồ Chủ tịch
Tôi bệnh nặng chắc không qua khỏi. Bốn mươi năm ôm ấp độc lập và dân chủ, nay nước đã độc lập, chế độ dân chủ đã thực hiện, thế là tôi chết hả.
Chỉ tiếc không được gặp Cụ lần cuối cùng. Chúc Cụ sống lâu để dìu dắt quốc dân trên đường vinh quang hạnh phúc.
Chào vĩnh quyết''.
Rất thương tiếc và đau buồn, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã viết:
Gửi toàn thể đồng bào sau ngày cụ Bộ trưởng Huỳnh Thúc Kháng tạ thế,
Hỡi đồng bào yêu quý,
Vị chiến sĩ lão tiền bối Huỳnh Thúc Kháng, Bộ trưởng Bộ Nội vụ và Hội trưởng Hội Liên hiệp Quốc dân vừa tạ thế.
Trước sự đau xót đó, Chính phủ ta đã ra lệnh làm Quốc tang.
Nhân dịp này, tôi có vài lời báo cáo cùng đồng bào.
Cụ Huỳnh là một người học hành rất rộng, chí khí rất bền, đạo đức rất cao. Vì lòng yêu nước, mà trước đây cụ bị bọn thực dân làm tội, đầy ra Côn Đảo. Mười mấy năm trường, gian nan cực khổ. Nhưng lòng son dạ sắt, yêu nước thương nòi của cụ Huỳnh, chẳng những không sờn lại thêm kiên quyết.
Cụ Huỳnh là người mà giàu sang không làm xiêu lòng, nghèo khổ không làm nản chí, oai vũ không làm sờn gan.
Cả đời cụ Huỳnh không cầu danh vị, không cầu lợi lộc, không thèm làm giàu, không thèm làm quan. Cả đời cụ Huỳnh chỉ phấn đấu cho dân được tự do, nước được độc lập.
Đến nay nước Việt Nam dân chủ cộng hoà thành lập, Chính phủ ta mời cụ ra. Tuy đã hơn 7l tuổi, nhưng cụ vẫn hăng hái nhận lời. Cụ nói: ''Trong lúc phục hưng dân tộc, xây dựng nước nhà thì bất kỳ già trẻ, trai, gái, ai cũng phải ra sức phụng sự Tổ quốc''.
Nay chẳng may cụ Huỳnh sớm tạ thế, trước khi được thấy kháng chiến thành công.
Cụ Huỳnh tuy tạ thế nhưng cái chí vì nước, vì nòi của cụ vẫn luôn luôn sống mạnh mẽ trong lòng 20 triệu đồng bào chúng ta.
Hỡi đồng bào yêu quý,
Chúng ta thương tiếc cụ Huỳnh vô cùng. Nhưng chúng ta không nên thương tiếc bằng cách than khóc rầu rĩ. Chúng ta thương tiếc cụ bằng cách: càng đoàn kết chặt chẽ, càng hăng hái kháng chiến; bằng cách: theo gương dũng cảm, noi chí quật cường của cụ; bằng cách: hoàn thành sự nghiệp cứu nước, cứu dân mà cụ đã ra sức đeo đuổi suốt đời. Chúng ta phải đồng thanh thề trước tiên linh của cụ Huỳnh rằng:
Đồng bào Việt Nam quyết theo gương kiên quyết của cụ.
Con Rồng cháu Tiên quyết không làm nô lệ.
Tinh thần kháng chiến của cụ Huỳnh sống mãi.
Việt Nam thống nhất và độc lập muôn năm!
Ngày 29 tháng 4 năm 1947
HỒ CHÍ MINH''
Ngày 3-5-1947, phóng viên các báo Việt Nam đi thăm mặt trận X, may mắn lại được gặp Chủ tịch Hồ Chí Minh cùng đến thăm mặt trận đó. Nhắc đến Huỳnh Bộ trưởng, Chủ tịch Hồ Chí Minh rơi nước mắt mà nói rằng:
Cụ Huỳnh là một nhà cách mạng rất kiên quyết, trung thành. Cụ mất là một điều thiệt thòi lớn cho dân tộc, cho Tổ quốc ta. Nhưng tôi tin chắc rằng sẽ có hàng vạn, hang ức đồng bào theo gương dũng cảm vì nước vì dân của cụ Huỳnh.
Nhân giỗ đầu của cụ Huỳnh, Người có điện thăm hỏi đến gia đình.
“Điện gửi gia đình cố Bộ trưởng Huỳnh Thúc Kháng
GỬI GIA ĐÌNH HUỲNH BỘ TRƯỞNG
Nhân ngày giỗ đầu cố Bộ trưởng, thay mặt Chính phủ, tôi kính cẩn nghiêng mình trước linh hồn cụ và xin gửi tới gia đình cụ lời chào thân ái và quyết thắng.
Ngày 21 tháng 4 năm 1948
Hồ Chí Minh”